Монастырь был построен в 1737 году. Название Амарбаясагалант – монгольское название, которое происходит от слияния двух имен: Амар и Баясгалант.
Легенда гласит, что, когда группа монахов искала и изучала землю для строительства монастыря, они встретили двух детей, мальчика и девочку, которые играли и строили на этом месте домик из камней. Имена детей были Амар и Баясгалант.